Au 9^ème siècle, Charlemagne établit dans le Revermont un de ses barons, du nom de Manassès, pour garder un territoire qui allait s'appeler plus tard la Manche de Coligny. Celui-ci s'étendait sur les premiers chaînons du Jura, depuis Orgelet au nord, jusqu'au Rhône, près de Villebois, au sud.

Peu après l'an 1000, Humbert aux blanches mains, fondateur de la dynastie des comtes de Savoie, profite de la faiblesse du roi de Bourgogne et prend possession de la Savoie et du Bas-Bugey.
Après la mort de Rodolphe III en 1032 , dernier roi de Bourgogne, qui n'ayant pas de descendance, choisit pour lui succéder Conrad le Salique, son neveu par alliance et empereur de Germanie.
C'est alors que nos régions passent sous suzeraineté du Saint Empire. L'empereur exercera une autorité réelle sur le pays de l'Ain mais ce royaume de Bourgogne deviendra très vite l'apanage des fils de l'empereur qui ne sera pas véritablement uni à l'Empire.
A cette période d'anarchie et de troubles, la féodalité s'organise et les seigneuries de Coligny, de Bagé, Villars …. sont créées.
Cette seigneurie sera très importante (1086, Hugues est le 1^er sire). Ces seigneuries autochtones excitent peu à peu la convoitise de leurs voisins extérieurs à la région. L'autorité impériale est trop lointaine pour être efficace et l'empereur se décide à nommer le Comte de Savoie "vicaire impérial" pour le représenter dans ces états. Celui-ci interviendra fréquemment dans les pays de l'Ain et le plus souvent pour son profit.
Au 13^ème siècle, la féodalité commence à s'affaiblir. Certains seigneurs disparaissent dans leurs expéditions lointaines, les autres s'épuisent dans des rivalités sanglantes.
En 1139, Henri IV, roi de France, donne à Amédée II, comte de Savoie, la seigneurie du Bugey ce qui procure à la maison de Savoie une installation sur les bords de l'Ain qu'elle entendra parfaire vers l'ouest.

Entre 1118 et 1250, ce fut pour certaines maisons seigneuriales, les sires de la Tour du Pin et de Thoire, une époque florissante où ils s'étendirent et s'apprêtèrent, en augmentant leur puissance, à soutenir leur influence dans les luttes féodales.
Hugues II de Coligny, fit don de terrains pour construire la chartreuse de Sélignac, avant son départ en croisade où il devait mourir en 1205. C'est son frère Guillaume de Coligny qui devint seigneur, mais à sa mort en 1228, ses biens échurent à Béatrice, fille de son frère.
Ses partages consécutifs à des mariages disloquent ce fief entre les sires de Thoires et de la Tour du Pin.

En 1229, l'empereur du St Empire renonce à ses prestations sur le royaume de Bourgogne, continuant toutefois à se dire souverain.
La famille de la Tour du Pin cherche à profiter de la dislocation de la seigneurie de Coligny.
Albert III de la Tour du Pin, épousa, Béatrice de Coligny, fille de Hugues II, à qui elle apporta en dot plusieurs seigneuries et châteaux, dont celui de Treffort, faisant ainsi entrer le Revermont dans la propriété d'une famille dauphinoise. Jalousé, le seigneur de la Tour du Pin se trouve bientôt en butte aux convoitises du duc Robert de Bourgogne. Les sires de Thoires, simple vassaux du duc de Bourgogne, virent grandir leur maison par d'heureuses et riches unions et elle devint une des plus importantes de l'époque féodale.

A la fin du 12^ème siècle, les sires de Thoires s'unissent aux sires de Villars
Les villes profitent alors de cet affaiblissement pour s'organiser et obtenir des franchises. En 1259, la cité de Treffort obtient une franchise en retour, les habitants s'engagent à fortifier et à défendre les murs.
En 1272, le Comte Amédée de Savoie acquiert la seigneurie de Bagé apportée en dot par Sybille de Bagé dernière et unique héritière de ce fief. (Seigneurie de Bagé)
En 1274, Humbert de la Tour du Pin, frère du défunt Albert, hérite des biens de sa belle sœur, Béatrice de Coligny, qui se trouvaient alors placés sous la suzeraineté d'Othon IV, comte de Bourgogne. Peu après, Alix de Meranie, mère d'Othon IV, princesse Palatine, remariée à Philippe de Savoie, aurait tenté d'obtenir d'un certain nombre de vassaux de son fils, qu'ils prêtèrent directement hommage à elle et non à son fils. En d'autre terme, Humbert de la Tour du Pin, renia les engagements pris par son père et son frère envers le comte Othon IV de Bourgogne. Une guerre éclata, le château de Treffort fut assiégé durant plusieurs mois, il ne fut pas prit mais le village fut incendié. Humbert fut donc contraint par les armes de lui rendre un hommage solennel en 1274.