En 1282, le duc Robert de Bourgogne, cousin de la dauphine, conteste le testament du dauphin du Viennois qui lègue la succession à sa sœur Anne, épouse d'Humbert de la Tour du Pin.

En, 1284, une nouvelle guerre éclata entre Humbert de la Tour du Pin et le duc Robert de Bourgogne, qui se disputent le Dauphiné. : le Revermont est ravagé. Les villes de Marboz et de Treffort furent assiégées. Le château de Treffort est démantelé, et Marboz est occupé par les Bourguignons. Philippe le Hardi impose sa médiation. En 1285, le Revermont, jusque là placés par Humbert de la Tour du Pin sous suzeraineté d'Othon IV, est cédé à Robert, duc de Bourgogne, en échange de droits qu'il détenait en Dauphiné et de 20 000 livres. Pendant quatre ans, cette partie du Revermont rentra dans le duché de Bourgogne mais resta sous la suzeraineté du comte Othon.

Le 12 octobre 1285, le Comte Othon IV abandonne la suzeraineté de ce territoire au profit de Robert duc de Bourgogne. Cet acte fut passé à Carcassonne lors de la retraite des français qui revenaient de la Catalogne où ils étaient allés en croisade contre le roi d'Aragon. Le roi de France était mort lors de cette croisade de la fièvre à Perpignan. Othon IV, comte de Bourgogne, qui l'accompagnait était lui aussi atteint par l'épidémie. Sa peur peut être à l'explication de cet acte car il mourut en 1303.

C'est lorsque le Comte de Savoie qui n'avait de cesse d'opérer la jonction entre la plaine et le Bugey troque des enclaves de la Bresse Chalonnaise contre le Revermont, regroupant ainsi ses possessions, devient le nouvel antagoniste des Dauphins. En 1286, le conflit est latent à la suite du refus du nouveau Dauphin de faire hommage au Comte de Savoie pour sa seigneurie de Coligny. La querelle s'envenime, et les enclaves de part et d'autre multiplient les contestations. Un premier compromis a lieu à Bourg, mais il échoue.

En 1289, un traité est enfin signé à Tournus par lequel Robert de Bourgogne renonce au Revermont en échanges des enclaves qu'Amédée V possédait dans la Bresse chalonnaise (Cuisery, Sagi, Savigny). La maison de Savoie regroupant ainsi ses possessions dans la région. Mais le nouveau dauphin du viennois refuse de faire hommage au comte de Savoie pour sa seigneurie de Coligny. Les combats s'engagent un peu partout car le dauphinois a contracté une alliance avec les Comtes de Genève et les sires de Thoire-Villars, tandis que les Savoyards ont l'appui du duc de Bourgogne et des sires de Beaujeu. La lutte trouve son terme par la médiation de Philippe VI de Valois, roi de France, en 1334. En 1349, une épidémie de peste ravagea la région, Ceyzériat, Marboz .. n'ont plus d'habitants. En 1350, le tiers de la population du Jura méridional périt.

Après quinze années troublées, une longue période de relative stabilité s'ouvrait sous domination savoyarde. Treffort, et la Bresse, allait être savoyarde pour plus de trois siècles.

En vertu de l'accord de 1355, Anne de Bourbon, princesse française, épousa Amédée IV concrétisant une alliance entre la France et la Savoie et donnera pour un siècle à la maison de Savoie une place de 1^er plan.

Treffort devint à cette époque le siège d'une châtellenie dont l'aire d'influence comprenait : Arnans, Cuisiat, Dhuys, Drom, Grand-Corent, Pressiat, Simandre et Villereversure. Cette date marque aussi la création de la frontière franc- comtoise entre Chavannes et Simandre. Cette frontière qui ne fut au début que féodale et en quelque sorte arbitraire, ne fut matérialisée par une délimitation précise et l'implantation de bornes qu'en 1612.